Это часто звучит саркастично, особенно если говорит нейтив. Например, Thanks a lot может встретиться в таких ситуациях:
Your suggestion was totally useless; thanks a lot for that. — Твоё предложение было абсолютно бесполезным; огромное спасибо за это.
You broke my favorite mug; thanks a lot for your carelessness. — Ты разбил мою любимую кружку; большое спасибо за твою неосторожность.
Your constant interruptions are appreciated; thanks a lot for that. — Твои постоянные перебивания очень ценятся; большое спасибо за это.
Но дело в том, что английский часто используется и не нейтивами, а они могут и не знать про сарказм в данной фразе. Поэтому фразой Thanks a lot они также могут выражать искреннюю благодарность.
Но лучше использовать фразу Thanks so much.